Binnen dit KIEM (SIA) gesubsidieerd project worden de mogelijkheden van een nieuwe innovatieve DNA-sequencing-techniek op het gebied van microbiologie verkend via een interlaboratorium pilotexperiment.
Nieuwe innovatieve methoden om de DNA-sequenties van bacteriesoorten te bepalen zijn in opkomst. Dit kan ervoor zorgen dat alle genetische kenmerken van de bacterie in één stap te bepalen zijn. Dit maakt het mogelijk om snel naar resistentie en genetisch verwantschap te kijken bij potentiele uitbraken.
DNA-sequenties bepalen
Gedurende vele jaren zijn op PCR gebaseerde technieken de keuze geweest om de DNA-sequenties te bepalen. Onlangs is een nieuwe techniek op de markt geïntroduceerd die gebaseerd is op SMRT: single molecule real-time sequencing. Dit maakt het mogelijk om binnen een aantal uur de DNA-sequentie van de bacterie te bepalen.
Harmoniseren
Deze SMRT sequencing techniek is ondergebracht op een USB-stick en staat bekend om zijn gebruiksvriendelijkheid. Voordat een dergelijke nieuwe techniek geïmplementeerd kan worden in laboratoria dient de methode geharmoniseerd en geëvalueerd te worden. Harmonisatie van de methodologie met betrekking tot nieuwe laboratoriumtechnieken is erg belangrijk om de resultaten tussen verschillende laboratoria te kunnen vergelijken.
Vergelijken
Tijdens dit KIEM-hbo project zal ALS-Avans samen met MUMC+ en IS-diagnostics een vergelijking uitvoeren tussen de verschillende laboratoria voor deze techniek. De onderzoekers gebruiken verschillende bacteriestammen en metagenomic samples voor deze vergelijking. Dit zal een actueel en geharmoniseerd sequencing-protocol genereren dat is uit te breiden naar toekomstig onderzoek en diagnostische toepassingen.
Toepasbaarheid
Dit project draagt bij aan de kennis op het gebied van moleculaire microbiologie met name gericht op innovatieve DNA-technologie en data-analyse. Deze kennis is toepasbaar voor bedrijven en instellingen maar zeker ook voor studenten en docenten waar DNA-technologie en data-analyse een steeds belangrijkere rol krijgt.
Voor meer informatie: [email protected].